Die Einzigartigkeit des Kühlhauses zeigt sich bereits in der Geschichte des Hauses. Ehemals war das Kühlhaus in Flensburg Eigentum der Deutschen Bahn: ein Obst- und Kühllager direkt an den Gleisen des Flensburger Güterbahnhofsgelegen. Gebäude und Gelände standen schon einige Jahre leer, als eine handvoll junger Flensburger und Flensburgerinnen begannen, die Räume für Veranstaltungen und zur eigenen kreativen und künstlerischen Entfaltung zu nutzen.

Sie gründeten im November 1994 den Verein „Kulturwerkstatt Kühlhaus e.V.“, um eine rechtliche und organisatorische Grundlage für die gemeinsame Arbeit zu schaffen und die Möglichkeit einer öffentlichen Förderung zu gewährleisten. In ehrenamtlicher Arbeit wurde die alte Lagerhalle zum Veranstaltungssaal ausgebaut, sodass schon im Dezember 1994 die Eröffnung des Hauses mit einem Doppelkonzert stattfinden konnte. Seither lädt das Kühlhaus jährlich an den Weihnachtsfeiertagen zum Geburtstag.

Das Kühlhaus ist als gemeinnütziger, eingetragener Verein Veranstaltungsort für Kulturveranstaltungen verschiedenster Art. Dabei begreift sich der Verein nicht als reiner Veranstalter, sondern als Plattform für Menschen, die selbst aktiv werden möchten: Viele der Veranstaltungen und Projekte finden in Kooperation mit lokalen oder regionalen Initiativen oder Künstlern statt oder werden von interessierten und engagierten Menschen initiiert und mitorganisiert.