Foi numa manhã de março, em 1907, que a ideia de criar uma Associação que representasse os alunos da Escola Politécnica, antecessora da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, nasceu por iniciativa de Luiz Passos. A data de fundação da AEFCL ainda é incerta, pois com as pesquisas realizadas até à atualidade ainda não se encontrou nenhuma data concreta, no entanto pensa-se ter sido criada na semana em que se celebra o aniversário de Ciências, ou seja, depois de 19 de abril.

A AEFCL nos seus primórdios (1907) era composta por alunos e professores, para que os últimos pudessem prestar auxílio aos estudantes que faziam parte da Associação e os seus membros, todos homens, eram intitulados d’ “Os Mestres”. Em 1911 deu-se a criação da Universidade de Lisboa, no entanto, a Associação já teria sido fundada previamente, com uma designação inicial ainda por apurar, assumindo a nomenclatura de Associação dos Estudantes da Faculdade de Ciências de Lisboa em 1909, designação esta que se manteve até à data.

Já em 1985 deu-se a mudança de instalações da Escola Politécnica (na qual as antigas instalações da AEFCL – atual Teatro da Politécnica – ainda estão marcadas, com o seu mocho, na calçada à entrada) para o Campo Grande.

No Campus da Faculdade de Ciências, a AEFCL já mudou as suas instalações diversas vezes, sendo que as mais marcantes foram após 1 de setembro de 2013, quando, infelizmente, devido a um incêndio nas suas instalações teve de se mudar para o C4. Em setembro de 2015 a AEFCL mudou-se para o C7, onde atualmente se encontra, o que permitiu que crescesse e melhorasse enquanto Associação.

Ao longo dos anos as direções da AEFCL sofreram mudanças drásticas: o seu modo de organização, comissões impostas pelo governo, a primeira mulher a ser Presidente da AEFCL (Glória Ramalho, em 1970), direções horizontais sem presidente, entre outras. As iniciativas realizadas por cada direção foram diversas em todas as áreas em que a AEFCL atua, desde a realização da JobShop de Ciências (que de ano para ano ganha novas dimensões), Semanas Culturais, criação de grupos de teatro e equipas desportivas, diversos eventos recreativos e desportivos, workshops, debates, renovação constante do seu merchandise, representação estudantil dentro e fora da Faculdade, ou até, uma rádio online – radioActividade – em 2010, não esquecendo, claro, as diversas publicações da AEFCL.

Todas as direções marcaram a AEFCL, tornando-a naquilo que é hoje: uma Associação de portas abertas, dos estudantes para os estudantes.